Les destructions pendant la fin de la guerre sont considérables, et sont aussi à imputer non seulement aux actions allemandes proprement dites, mais aussi aux actions des bombardements alliés, de l’armée française lors de mouvements de repli, de la Résistance cherchant à paralyser les mouvements de l’armée allemande. La guerre, pour la SNCF, ce fut aussi et surtout 8.938 cheminots tués et 15.977 blessés : un très lourd tribut payé par le chemin de fer français à la Seconde Guerre mondiale. Les difficiles années 1943 et 1944 voient une SNCF rétablissant ses lignes immédiatement derrière les progressions des troupes alliées. Par exemple, le 28 août 1944, trois jours après l’entrée des troupes du général Leclerc dans Paris, le premier train provenant de Cherbourg entre en gare de SaintLazare, mais, c’est vrai, en passant par Mezidon, Alençon, Le Mans, Chartres, Dreux et Maintenon. Au 1er octobre 1944, on peut se rendre de Paris à Lyon, puis Marseille, ou dans le Nord, par des itinéraires très indirects mis en service. En 1945, la circulation des trains n’est que de 30 % de celle de 1939 et en 1948 elle est de 70 % seulement. La pénurie est celle des locomotives : si le parc de 17.000 locomotives d’avantguerre est réduit à 12.000 restées sur le sol français, à peine 3.000 passent pour réellement utilisables, et les autres non, faute de pièces, faute de temps et de lieux pour les réparer, faute d’hommes pour le faire. À la fin de la guerre, environ 32 000 km de lignes sur les 40.000 du réseau sont inexploitables, 115 gares sur 300 sont détruites et 74 grands dépôts sur 130 sont totalement inutilisables, 60 % des installations sont à reconstruire avec 2.063 ponts détruits ou 70 tunnels obstrués et 668 postes d’aiguillages détruits. Mais il est à noter que cette reconstruction est très rapide et exemplaire, puisque terminée pour 1948, année qui connaît un trafic de 55 % supérieur à celui de 1938. La libération et la bataille du rail mirent en avant l’engagement des cheminots, dans la résistance pour certains et pour beaucoup, dans la reconstruction de l’appareil de production et la relance économique du pays dans les plus brefs délais avec une forte reconnaissance de la population. La SNCF, sous l’impulsion de Louis Armand, engagea très vite un processus de modernisation du réseau la priorité est accordée à l’électrification des axes ferroviaires majeurs leur valant une augmentation des vitesses et du confort. Les grandes lignes en furent tracées dès le 7 juin 1944, insistant sur l’électrification et le courant industriel grâce aux informations recueillies par Louis Armand. La situation était d’autant plus favorable au rail que la situation du réseau routier demeurait précaire avec un rationnement des carburants persistant jusqu’en 1947 et une forte pénurie de véhicules : on ne comptait que 6000 autocars en France en 1949 contre 20 000 en 1939. La production automobile redémarra mais les listes d’attente étaient telles qu’on organisa des priorités par métiers. Une modernisation axée sur les trains de marchandises et les grandes lignes.