ストーリー
ある科学者の実験により地球は二つの世界に分かたれた。長い時を経て分かれた世界は融合され今では「アイオニオン」と呼ばれるようになった。

機械技術を発達させた「ケヴェス」、エーテルと呼ばれる技術を扱う「アグヌス」の2つの国家が争っていた。2つの国家の国民は装置によって作られた生命体であり、その寿命は10年。その中で戦う為に生き、生きる為に戦う、戦う事を宿命付けられた者達であった。周囲がその環境に何の疑問も持たない中で、失われた命を弔う「おくりびと」の役割も担うケヴェス兵のノアはその生活に複雑な思いを巡らせていた。

そんなある日、ノア達ケヴェス兵に不可解な任務が課せられる。その内容は謎のエネルギー装置の破壊。命じられるままその地へ赴き、同じ任務を課せられたアグヌス兵と謎の勢力と三つ巴の戦いを繰り広げるが、ノア達にとっては異質なしわしわの男に制止され、その謎の男に「お前達は本当の敵と戦うべきだ」と告げられる。

その直後、話を遮るように新たな謎の勢力による攻撃が入る。その巨人の圧倒的な力にノア達は苦戦を強いられるが、謎の男がエネルギー装置を動かし、ノアはアグヌス兵の少女ミオと融合。その力で場を切り抜ける事に成功する。だが謎の巨人は謎の力を作動させ「コレでお前たちは世界の敵だ」と告げ余裕そうに去っていった。

ノア達は攻撃を受けた男の元に駆け寄り、その男から改めて本当の敵と戦うべきである事と、生き延びたいのなら大剣の突き立つ大地「シティー」を目指すよう説得を受け、そのまま命を落とした男を弔った。その後一度は基地への報告を優先したノア達とミオ達だったが、既に謎の巨人の言う通りノア達を味方する者は居なくなっていた。居場所を失い、同時に目指すべき場所を示されたノア達6人の兵士は手を取り合い、この世界の真実を見るべく「シティー」を目指す。