Ellert Nijenhuis werkt op de polikliniek psychiatrie van GGZ Drenthe te Assen, waar hij zich bezig houdt met de diagnose en behandeling van ernstig getraumatiseerde patiënten. Hij verricht zijn vernieuwend wetenschappelijk onderzoek in dit ziekenhuis, en werkt samen met de Universiteit van Groningen (Nederland) en Zürich (Zwitserland), evenals met verschillende andere instellingen en klinieken. Zijn empirisch en experimenteel onderzoek richt zich op de psychologie en psychobiologie van chronische traumatisering en dissociatie. Hij heeft vele klinische en wetenschappelijke artikelen, hoofdstukken uit boeken, en een aantal boeken geschreven, hij is een recensent van diverse vakbladen en geeft hij presentaties en workshops op vele internationale conferenties.