Lorsqu’un virus infecte l’organisme humain, les particules virales peuvent se trouver dans les cellules infectées, ou circuler librement dans les liquides de l’organisme.

Les lymphocytes B détectent les antigènes circulant dans le sang ou les autres liquides de l’organisme grâce à leur immunoglobuline (Récepteur B).

Les lymphocytes T détectent les antigènes sur les membranes des cellules infectées par le virus, ou sur les molécules du CMH des cellules présentatrices d’antigène grâce à leur récepteur T.

Seuls les clones de Lymphocytes B ou T dont le récepteur est spécifique de l’antigène entrent en contact avec cet antigène et sont donc activés. C’est la sélection clonale.

Ces lymphocytes activés subissent ensuite une prolifération (amplification clonale) puis une différenciation : les LT CD4 se différencient en LT auxiliaires, qui sécrètent de l’Interleukine 2, qui va activer l’expansion clonale et la différenciation des LT CD8 en LTc et des LB en plasmocytes.

Les anticorps sécrétés par les plasmocytes se fixent sur les antigènes, ce qui produit des complexes immuns.

Les LT cytotoxiques détectent les antigènes sur la membrane des cellules infectées, et les détruisent par apoptose ou lyse.

Les complexes immuns et les débris cellulaires de cellules tuées sont détruits par les cellules phagocytaires (coopération avec l’immunité innée).

Lorsque le virus a été totalement éliminé, des clones de LB, LTc et LTa à longue durée de vie persistent dans l’organisme. Ce sont des cellules mémoires qui permettront à l’organisme de produire une réaction immunitaire adaptative plus rapide en cas de nouveau contact avec l’antigène.

Les défenses adaptatives associées avec les défenses innées permettent normalement d'éliminer la cause du déclenchement de la réaction immunitaire.