Nos encontramos dos años después del incidente de Shadow Moses (Metal Gear Solid). Durante estos dos años la tecnología secreta de Metal Gear gracias a Revolver Ocelot ha circulado libremente por el mercado negro. Como consecuencia han aparecido incontables versiones de Metal Gear pirateados por todo el mundo. En medio de todo esto está Solid Snake, actual miembro de la recién fundada Philanthropy, una ONG antiMetal Gear, junto con su compañero Otacon (Hal Emmerich). Al haber sabido de un nuevo prototipo de Metal Gear que ha sido desarrollado por los U.S. Marines, y que está siendo transportado hacia un destino desconocido, Snake decide infiltrarse mientras el barco que transporta el nuevo Metal Gear camuflado como un petrolero recorre el río Hudson.