De vuelta en el cementerio, vemos a un Snake agobiado por no haberse podido suicidar, luego escucha una voz familiar que le dice que hizo lo correcto al no hacerlo. Un desconcertado Snake gira y encuentra a Big Boss de pie frente a él, ileso. Este comienza a acercarse a Snake, armado con la Patriot, la ametralladora modificada de The Boss. Los dos tienen una pequeña pelea CQC, donde Big Boss desarma a Snake y le da un abrazo paternal, y le dice que deje las armas para que viva lo que le queda de vida. Big Boss le dice a Snake que el cuerpo quemado en el Río Volta fue el de Solidus Snake (eran idénticos físicamente y genéticamente), y que su cuerpo fue reconstruido mediante cirugía utilizando partes y órganos de Solidus y Liquid Snake, explica que se ha mantenido vigente debido a la amplia nanotecnología que posee, similar a la utilizada para restringir los cuerpos de The Beauty and the Beast Unit. Luego, muestra al Mayor Zero junto a él, que ahora es un anciano de 105 años y postrado en una silla de ruedas en estado vegetal.

Big Boss explica que él y Zero fundaron los Patriots para seguir los ideales de The Boss, junto con EVA, Ocelot, Sigint y ParaMedic. Pero como los Patriots se convirtieron cada vez más influyentes en la sociedad, Zero se convirtió en un megalómano, obsesionado con la uniformidad y la supresión de la individualidad, pero Big Boss al darse cuenta de que Zero se creía superior y ya importarle los ideales de The Boss, crea Outer Heaven, para seguir los mismos ideales de The Boss. Big Boss fue seguido por EVA y Ocelot, que se unió a él en su lucha por poner fin a los Patriots. Como Zero se convirtió en anciano, pensó en un plan para que los Patriots siguieran a su mando después de su muerte, gastando toda su fortuna en dejarlo en manos de JD y el los proxies IA (Inteligencia Artificial), que además interpretó erróneamente la voluntad de Zero y totalmente alienados de sí mismos la voluntad original de The Boss. JD estaba buscado formas para controlar a las masas mediante la manipulación de la economía, (que conducen a la economía de guerra), la información digital (lo que llevaría a la creación del Arsenal Gear) y, finalmente, personalidades (que se convirtió en el sistema de Sons Of Patriots SOP). Él explica que Ocelot voluntariamente utilizo la hipnosis, psicoterapia y nanomáquinas para asimilar la personalidad de Liquid Snake, con el fin de engañar al sistema y propagar la pelea entre los hijos de Big Boss. Luego, Big Boss, corta el respirador de Zero y le causa la muerte.

Big Boss revela que la inyección dada a Snake por Drebin en el Medio Oriente incluyó una nueva cepa de FOXDIE, creado por el proxy IA, con el fin de matar a todos los sobrevivientes de los traidores de los Patriots, eso explica la muerte de EVA y Ocelot. Big Boss también explicó el mensaje de Naomi de que la nueva cepa FOXDIE ha neutralizado el FOXDIE antiguo, lo que significa que Snake ya no está en peligro de convertirse en un arma biológica, o sea, no matará a toda la comunidad como lo estimaba Naomi en un principio. Después de decirle a Snake, Big Boss también revela que el nuevo FOXDIE ya lo está afectando, y que está siendo atacado por última vez por los Patriots a través de Solid Snake. Por último, hace la paz con Snake, le dice que lo lleve a la lápida de The Boss (hace un saludo idéntico en la lápida al visto al final de MGS3) y se fuma su último cigarrillo. Así muere el más grande soldado del siglo XX, a causa del nuevo virus FOXDIE que Snake lleva. Sus últimas palabras son: "Esto es bueno... ¿no?", refiriéndose al puro que se iba a fumar. Como sale en otro Metal Gear, él solo fuma puros cubanos.

En el diálogo postcréditos, Snake explica a Otacon que va a pasar sus días restantes simplemente tratando de vivir su vida y que también ha dejado de fumar. Otacon desea venir con él, a fin de la crónica de los últimos días de Solid Snake. Snake se niega inicialmente pero con cierta persuasión luego permite que Otacon y Sunny lo acompañen hasta sus últimos días.




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