Dans la matrice, le pyruvate issu de la glycolyse va subir un ensemble de réactions chimiques qu’on peut résumer en deux étapes :
Etape 1 : l’acide pyruvique subit une décarboxylation (enlèvement de CO2) et une déshydrogénation (enlèvement de H+) dont le résultat est un groupement acétyle CH3CO qui se fixe sur un composé appelé coenzyme A pour donner l’acétyle coenzyme A

Étape 2 : l’acétyle coenzyme A se fixe sur un corps en C4 pour donner un corps en C6. Ce dernier subit un ensemble de réactions de décarboxylation et de déshydrogénation constituant le cycle de KREBS.